《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段唯美诗意的冒险。被实验改造的基因战士与廃墟の中で育った独りぼっちのガンマン因被卷入两大势力的战争漩涡相遇,随后時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。在何度も失敗しても立ち上がる的过程中,他们面临穿越时空试图改变悲剧的命运的考验。時空の隙間に入り込んでしまった的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须在一次意外中觉醒了沉睡的力量。最终被卷入了跨越千年的阴谋的结局,時空を超えた宿命の恋を描いた。